משרשי המצוה מה שגילתה התורה שלא לטמאות מקום משכן המלך מלכי המלכים הקב"ה שנבנה לשכינתא ב"ה, ואין הקב"ה סובל הטומאה, וכתיב ועשו לי מקדש ושכנתי בתוכם, כלומר שיעשו המקום מקדש כדי שיוכל לשכון בתוך בני ישראל, וכל זה להרחיק הטומאה מפני הקדושה ושלא תתרחק הקדושה מפני הטומאה ח"ו. ולפי שמיום שירדה שכינה למקדש אינה מסתלקת מישראל, משל למלך שהשיא את בתו ועשה לעצמו בית קטן שיהיה קרוב לה (כדאיתא במדרש), צוה לעם קדשו לעשות מקום מקדש שישכון ביניהם. ואל תתמה ממה שאמרה תורה השוכן אתם בתוך טומאותם, לפי שאנן קיי"ל טומאה דחויה בציבור, וכשכל הקהל טמאים אז נדחה הטומאה מפני הקדושה. וזה לשון דחויה, שדוחה אותה הקדושה, אבל ביחיד אל יכנס במקדש ולא יטמא את משכן ה'.

מראה מקומות עיין מצוה שס"ב.

שסג) {גדרי האיסור}קיום המצוה. קצת פרטי דינים עיין מצוה שס"ב כי עולים לכאן גם כן. והנה כל אדם הנוגע בטומאה שעל ידה נעשה טמא מן התורה, כגון שנטמא באב הטומאה או שנטמא במשא מאב הטומאה, או שהוא טמא בטומאה היוצא מגופו, כגון מצורע וזב וזבה ונדה ויולדות, הכלל בכל טומאה שהוא טמא מן התורה, אם נכנס למחנה שכינה עובר בלאו, לבד העשה הנזכרת במצוה הקודמת,1 ועונשו כרת, ואם התרו בו חייב מלקות, ובשוגג קרבן עולה ויורד.2 ואינו חייב אלא כשנכנס דרך ביאה, נכנס למקדש דרך גגות, או שנכנס במגדל הפורח באויר פטור מכרת ומכין אותו מרדות,3 ומיהו אם שהה שם כדי טומאה חייב כרת.4 {שהייה}נטמא במקדש אחר שנכנס, אפילו טימא עצמו שם במזיד, ימהר ויבהל לצאת בדרך קצרה,5 ואם שהה ויצא בארוכה אף על פי שלא שהה חייב כרת.6 ואי זו הוא דרך ארוכה כל שאפשר לצאת מן המקדש בדרך קצרה ממנה, ואע"פ שרץ בכל כחו ונמצא שהלך בארוכה פחות מזמן המהלך כל אדם בקצרה מ"מ חייב,7 ונראה דעכ"פ צריך להיות דרך ארוכה כל כך ארוך מהקצרה שיש בו שיעור כדי השתחויה בין ארוכה לקצרה, והבן. עכו"ם אין להם שום טומאה מן התורה.8 {הכניס טומאה למקדש}אדם שהכניס שרץ במקדש או הכניס אדם טמא אחר חייב המכניס,9 ואם היו בדעת שניהם שניהם חייבים אלא שאינו לוקה לפי שאין בו מעשה, ואם סייע להמכניס לוקה גם כן,10 ואם הכניס עכו"ם פטור. הזורק כלים טמאים למקדש אפילו היו כלים שנגעו במת פטור מכרת וחייב מלקות. 11טמא שהכניס ידו למקדש מכין אותו מכת מרדות, וכן כל טמא באב מאבות הטומאה של דבריהם, או שאכל אוכלין טמאין, ושתה משקין טמאין, ונכנס למקדש במזיד קודם שטבל מכין אותו מרדות. 12 {כללים}ונוהג בבית המקדש בזכרים ונקבות ובזמן הזה שבעונ"ה המקדש שמם הנכנס למקום המקדש לדעת הרמב"ם13 לוקה והראב"ד14 חולק.